La investigación científica tiene como objetivo la obtención de conocimiento y la transferencia del mismo a la sociedad. El HCV apoya la investigación facilitando la realización de estudios clínicos de distintos tipos: ensayo de nuevos tratamientos, validación de pruebas diagnósticas, estudios epidemiológicos, etc. El análisis de los casos que se visitan en el hospital (prospectivo o retrospectivo) también es una herramienta capital en investigación clínica.

Esa voluntad de apoyo a la investigación se materializa en la realización de proyectos de tesis doctoral, en colaboraciones con centros de investigación de alto nivel como el CBATEG, en la presentación de los resultados de la investigación en los principales congresos nacionales e internacionales y en la publicación de más de 25 artículos científicos anuales en revistas especializadas con alto índice de impacto.