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Para predecir los valores genéticos mejorantes para los caracteres objetivos de selección como el peso al nacimiento y al destete, área del músculo del lomo y peso de la canal, se necesita afinar el modelo de evaluación genética y más en concreto conocer las ganaderías que pueden ser directamente comparables en una población en la que la reproducción se realiza casi exclusivamente en régimen de monta natural, como es el caso de la "Bruna dels Pirineus". A tal efecto se ha aplicado una metodología para medir la conexión entre rebaños que consta de dos etapas: 1) cálculo de los coeficientes de determinación (CDs) de las comparaciones entre rebaños, y 2) establecimiento de la serie de rebaños conectados.

Los coeficientes de determinación de las comparaciones entre rebaños han sido calculados mediante un método de simulación que estima (co)varianzas empíricas de los valores verdaderos y predichos en una muestra de tamaño n. Una vez se ha estimado la matriz de coeficientes de determinación, se ha aplicado un método de agrupamiento (clustering) que puede manejar un gran número de comparaciones, a efectos de determinar grupos compactos (clusters) de rebaños conectados en la población "Bruna dels Pirineus". Dado que en esta raza predomina la monta natural, como se ha dicho, y que prácticamente no hay relaciones a través de machos de referencia, se usó un modelo animal que incluía toda la información disponible, especialmente la conexión mediante las hembras. Se llevó a cabo también un análisis de sensibilidad para contrastar las evaluaciones unicarácter realizadas mediante un modelo padre y un modelo animal suponiendo distintas heredabilidades, así como las evaluaciones multicarácter con diferentes grados de correlaciones genéticas y aquellas realizadas incluyendo efectos maternos.

El modelo padre dio una muy baja proporción de rebaños conectados, incluso para caracteres altamente heredables, mientras que mediante el modelo animal pudimos detectar que la mayor parte de los rebaños estuvieron bien conectados, dando altos coeficientes de determinación entre ellos, especialmente para caracteres de alta heredabilidad (el coeficiente de determinación promedio por rebaño fue 0,535 para una heredabilidad simulada de 0,40). Para caracteres de baja heredabilidad, el coeficiente de determinación promedio aumentó desde 0,310 en la evaluación unicarácter hasta 0,319 y 0,354 en la evaluación multicarácter con correlaciones moderadas o altas respectivamente. En modelos con efectos maternos, el promedio de coeficiente de determinación por rebaño para los efectos directos fue similar al de la evaluación unicarácter. El coeficiente de determinación promedio por rebaño para los efectos maternos aumentó si éstos tenían una elevada correlación genética con los efectos directos, aunque el porcentaje de rebaños conectados para efectos maternos fue muy bajo, inferior al 12%.

En conclusión, podemos decir que el grado de conexión en una población bovina que se aparea bajo régimen de monta natural, tal como la "Bruna dels Pirineus", medido como el coeficiente de determinación de las comparaciones entre rebaños, es alto. Además, es posible definir un amplio grupo de animales cuyo valor genético estimado es comparable tras realizar una evaluación genética que incluye todos los rebaños, especialmente para caracteres de alta heredabilidad.