Seqüenciació Massiva (NGS)

Aquest serei s'ofereix al Mòdul B.

A l’SGiEB utilitzem les tecnologies d’Illumina i d’Oxford Nanopore per als projectes de seqüenciació massiva (Next Generation Sequencing).

Illumina (seqüenciació per síntesi): permet obtenir lectures de mida curta o short reads. A l’SGiEB oferim reads de 100 a 600 parells de bases (base pairs o bp) que es poden combinar amb flow cells de diferent capacitat depenent de l’output final que requereixin els experiments.

Disposem de dos seqüenciadors amb rendiments diferents, segons les necessitats de cada projecte:

El MiSeq System (low-throughput) amb el qual oferim des de 1 Milió de lectures (million reads o Mr) fins a 15 Mr totals de lectures amb reads de 300 bp (2x150 bp) a 500 bp (2x250 bp) de longitud.
El NextSeq 1000 (mid-throughput) amb el qual oferim des de 100 Mr fins a 400 Mr totals de lectures amb reads de 100 bp (2x50 bp), 200 bp (2x100 bp), 300 bp (2x150 bp) i 600 bp (2x300 bp) de longitud.

Les aplicacions associades a aquesta tecnologia i aquests instruments són: la seqüenciació de genomes (whole genome sequencing) de novo o reseqüenciació (identificació d’espècies), seqüenciació de transcriptomes o seqüenciació d’amplicons com per exemple la regió V3-V4 del gen rRNA de 16S, entre d'altres. Per projectes específics, consulteu a l’SGiEB (sgieb@uab.cat).

esquema de les opcions que oferim amb els seqüenciadors MiSeq, NextSeq i GridION

Oxford Nanopore (seqüenciació per nanopors): s’utilitza sobretot per seqüenciar reads llargs o long-reads ja que permet obtenir lectures sense resitrcció de mida, des de poques bp a kilo bases (kb).

Disposem del GridION, que permet seqüenciar fins a cinc MinION flow cells alhora de manera independent. Cada MinION flow cell té una capacitat total (teòrica) de 48 Gb.

Les aplicacions associades a aquesta tecnologia són: la seqüenciació de genomes (whole genome sequencing) de novo o reseqüenciar (identificació d’espècies), seqüenciació de plasmidis, seqüenciació de transcriptomes o seqüenciació d’amplicons o gens sencers (full length), entre d’altres. Per projectes específics, consulteu a l’SGiEB (sgieb@uab.cat).

A l’SGiEB, intentarem adaptar-nos en la mesura del possible a les vostres necessitats. Per a una atenció més personalitzada no dubteu en contactar amb nosaltres i expliqueu-nos el vostre projecte!