Àcids Nucleics: Extracció, Quantificació i anàlisi de Qualitat

Extracció d'àcids nuclèics automatitzada (Mòdul A)

Es realitza amb el Maxwell® RSC, una plataforma per a extreure automàticament àcids nucleics (RNA, DNA, DNAc,...) de procedència diversa (animal o vegetals). El mètode de purificació llisa la mostra i l'àcid nucleic s'uneix a partícules paramagnètiques alliberant-se al final dins d’un tub eppendorf. Té capacitat per a extreure el material genètic  amb una gran puresa i qualitat. L’equip permet treballar des d'1 fins a 16 mostres simultàniament i el procés només triga uns 50 minuts. 

L'aparell és controlat per una Tableta amb software específic que facilita el seu ús.

NanoDrop ND-1000/2000 (Mòdul A i B)

El NanoDrop® ND-1000 és un espectrofotòmetre d’espectre total (220-750nm) que mesura concentracions amb 2µl de mostra, amb gran exactitud i reproductibilitat. Utilitza la tensió superficial de la gota per mantenir la mostra en el seu lloc i s’eliminen les cubetes de mesura. A més a més, el ND té la capacitat de mesurar mostres molt concentrades, sense necessitat de diluir-les (accepta 50X més de concentració que les mesures estàndards amb cubetes). Aquestes característiques el fan idoni pel mesurament de la concentració d’àcids nucleics i/o proteïnes per a determinar la seva qualitat i la seva concentració.

El software calcula automàticament la concentració dels àcids nucleics seguint la relació:

• 1 A260nm = 1 OD DNA = 50 µg/ml
• 1 A260nm = 1 OD RNA = 40 µg/ml

La concentració de proteïna es pot calcular per mostres a les quals els hi hem aplicat el mètode de Bradford, Pierce, Lowry, BCA o la mesura directa d'absorbància a 280 nm.

Tanmateix, es pot ajustar el coeficient d'extinció molar per a qualsevol proteïna. A més, l'aparell permet la conversió automàtica d'absorbància en concentració per mostres de BSA, Lisozim i IgG.

Equip:

• NanoDrop ND-1000 (Mòdul B)
• NanoDrop ND-2000 (Mòdul A)

LabChip o Bioanalyzer (Mòdul B)

El Bioanalyzer utilitza l’electroforesi capil·lar per separar els àcids nucleics i determinar el seu nivell d’integritat (mesura de la qualitat) i la quantitat.

És un mètode molt sensible i empra un sol microlitre de mostra, per això està molt indicat quan tenim molt poca quantitat de mostra, o bé la mostra és molt valuosa o està poc concentrada.

La detecció és per la fluorescència dels colorants propis d’Agilent que s’intercalen entre les molècules dels àcids nucleics.

Equip:

• Agilent 2100 Bioanalyzer

Servei: 

L'usuari envia la mostra de DNA o RNA i a l'SGiEB la processem. Es requereix un mínim de 2 µl en tubs de 0.2 ml ben rotulats i enumerats i que corresponguin amb el nom de la sol·licitud d'assaig entregada.

Kits:

• DNA HS (11 mostres)
• DNA 1000 (12 mostres)
• RNA 6000 Nano/Pico (12 mostres)

Qubit (Mòdul B)

El Qubit és un espectrofotòmetre que utilitza fluorocroms específics per a mesurar àcids nucleics i proteïnes. A diferència del Nanodrop, el Qubit permet la quantificació de cadena simple o doble de DNA, la qual cosa fa que la mesura sigui molt més acurada. Les mesures al Qubit necessiten d'una preparació prèvia de la mostra i de l'elaboració d'una recta patró.

Cal considerar en els assajos de DNA de doble cadena que la concentració mesurada al Nanodrop pot arribar a ser fins a 10 vegades superior que la mesurada al Qubit. Per tant, s'ha de tenir en compte aquest efecte a l'hora de mesurar la concentració d'una mostra.

Equip:

• Qubit 2.0

Serveis:

1. Reacció i quantificació: l'usuari envia la mostra de DNA o RNA i a l'SGiEB la processem. Es requereix un mínim de 2 µl en tubs de 0.2 ml ben rotulats i enumerats i que corresponguin amb el nom de la sol·licitud d'assaig entregada. Oferim els següents kits (veure l'apartat "Kits").
2. Quantificació: només en règim d'autoservei.

 Kits:

• dsDNA HS Assay: 0.2–100 ng

• dsDNA BR Assay: 2–1000 ng

• ssDNA Assay: 1–200 ng

• RNA Assay: 5–100 ng